Nauczanie dzieci z upośledzeniem umysłowym w Nakle nad Notecią sięga roku 1964. Założono wówczas klasy specjalne przy Szkole Podstawowej nr 2.  Szkoła Podstawowa Specjalna jako oddzielna placówka oświatowo – wychowawcza powstała w roku 1969. Mieściła się ona nadal w gmachach Szkoły Podstawowej nr 2, później także w internacie Liceum Ogólnokształcącego i Szkoły Podstawowej nr 3. Rok szkolny 1977/78 rozpoczął się w nowych warunkach.
Z inicjatywy ówczesnych władz oświatowych oraz pierwszego dyrektora szkoły mgr Jana Synoradzkiego szkoła otrzymała własny budynek w Karnowie, wsi położonej 3 km na północ od Nakła nad Notecią. W latach 1987 – 2004 dyrektorem szkoły był mgr Andrzej Matysiak.
Status Zespołu Szkół Specjalnych placówka uzyskała w 1999 roku. Od roku szkolnego 2004/2005 do końca roku 2016/2017, dyrektorem szkoły był mgr Albin Splitt.                     

W roku szkolnym 2017/2018 dyrektorem zespołu szkół został dotychczasowy nauczyciel w naszej placówce mgr Mariusz Dereziński.